În 1999 Guvernul și Parlamentul Republicii Ungare au decis finanțarea educației superioare în limba maghiară din Transilvania prin înființarea unei universități particulare maghiare independente în România, scop pentru care au alocat resurse din bugetul anului 2000.
Pentru a asigura folosirea resurselor conform intenției donatorului și în conformitate cu principiile morale ale acestuia, cei opt conducători ai bisericilor istorice maghiare din Transilvania, arhiepiscopul romano-catolic Dr. Jakubinyi György, episcopii romano-catolici Tempfli József, Reizer Pál și Martin Roos, episcopii reformați Dr. Csiha Kálmán și Tőkés László, episcopul unitarian Dr. Szabó Árpád, și episcopul lutheran Mózes Árpád, au înființat Fundația Sapientia, care a fost înregistrată la tribunalul din Cluj-Napoca la data de 16.03.2000.
Membrii Consiliului Director al Fundației Sapientia au fost numiți de către conducătorii Bisericilor Fondatoare, sarcina lor devenind definirea și implementarea obiectivelor Fundației.
În aprilie 2000 s-a încheiat o Convenție de Colaborare pentru finanțarea unei Universități Private Maghiare din Transilvania între Fundația Sapientia și Oficiul Maghiarilor de Peste Hotare (OMPH) din Ungaria. În prezent finanțarea este asigurată de Fondul Bethlen Gábor înființat de Guvernul Republicii Ungare.
În toamna anului 2000 Consiliul Director al Fundației a aprobat concepția de dezvoltare a Universității Sapientia. Pentru a obține autorizația provizorie de funcționare, în luna mai 2001 s-a creat Senatul interimar al Universității, format din membrii Consiliului Director și din câte un reprezentant al centrelor de studii, iar președintele Consiliului Director a fost numit rector delegat. Cadrul organizatoric și de activitate al Universității Sapientia s-au creat până la toamna anului 2001.
Conform Declarației de Constituire, Universitatea dorește să fie o instituție de învățământ superior care face față cerințelor regionale și valorilor europene, într-o Europă unificată. Instituția dorește să funcționeze ca o organizație unitară, luând în considerare deosebirile demografice, economice și culturale ale comunității maghiarilor din Transilvania. Fiecare dintre centrele de studii – Miercurea Ciuc, Târgu Mureș, Cluj-Napoca – are un profil diferit, însă acestea împreună alcătuiesc o structură unitară care completează educația în limba maghiară deja existentă în România, conform necesităților comunității maghiare.
Începând cu anul școlar 2000/2001 Fundația Sapientia acoperă și cheltuielile Universității Creștine Partium, instituție de învățământ superior acreditată.
Datele situației financiare din cei douăsprezece ani care au trecut de la înființarea universității sunt următoarele: din suma alocată din bugetul maghiar, adică 19.558,27 milioane de forinți, Consiliul Director a alocat 14.637,10 milioane pentru funcționarea instituției, și 4.921,17 milioane de HUF pentru finanțarea cheltuielilor de investiții.
Universitatea „Sapientia” este o instituție autonomă a maghiarilor din România, care și-a definit principala menire în a-i asigura acestei comunităţi naţionale o educaţie şi o viaţă ştiinţifică la un nivel profesional recunoscut.
Rectorat